Институт водных проблем, гидроэнергетики и экологии НАНТ согласно международных договоров сотрудничает с Национальным университетом Казахстана им. Фороби, Институтом географии Республики Казахстан, Институтом водных проблем, гидроэнергетики Национальной академии наук Республики Кыргызстан, Научным центром высокогорья Тянь-Шань при ИВПИГЭ АН РК, Институтом ирригации и инженеров сельскохозяйственной мелиорации г.Ташкент (Узбекистан), Государственным университетом Южного Урала (Россия), ООО «Азеркосмос» Республики Азербайджан, а также с несколькими предприятиями Китайской Народной Республики – Научным центром дистанционного зондирования земли Синьцзяно-уйгурской автономной республики, Центром изучения ледников Академии наук этой страны и др.  

  К примеру, продолжаются научные работы в сфере двухстороннего сотрудничества с Всероссийским научно-исследовательским институтом гидротехники и мелиорации им. А.Н.Костякова. Также на основе соглашения об информационном обмене продолжаются работы совместно с Институтом водных проблем, гидроэнергетики Национальной академии наук Республики Кыргызстан и Германским исследовательским центром Juelich GmbH, и Отделом безопасности и радиационной защиты.

  Также начались сотрудничества с Лабораторией нейтронной физики имени Франк Института объединенных исследований (Дубна, Россия)

 Подписаны соглашения с Международным Центром биологии солей сельского хозяйства для Центральной Азии и Казахстана (International Centre for Biosaline Agriculture for Central Asia and Caucasus) при ICARDA и Ташкентским отделением, на основе соглашений ведутся научно-исследовательские работы.

 В ноябре 2021 года институт заключил соглашения о сотрудничестве еще с двумя научными организациями  Республики Узбекистан. Это Ташкентский институт инженеров ирригации и механизации сельского хозяйства (ТИИИМСХ) и Научно-исследовательский институт ирригации и водных проблем Министерства водного хозяйства Республики Узбекистан (НИИИВП МВХ РУз). На данный момент начались совместные научные работы.