Институти масъалаҳои об, гидроэнергетика ва экологияи АМИТ дар асоси шартномаҳои байналмилалӣ бо Донишгоҳи миллии Қазоқистон ба номи Форобӣ, Институти географияи Ҷумҳурии Қазоқистон, Институти масъалаҳои об ва гидроэнергетикаи Академияи миллии илмҳои Ҷумҳурии Қирғизистон, Маркази илмии баландкӯҳи Тиён-Шони назди ИМОваГЭ АИМ ҶҚ, Институти ирригатсионӣ ва муҳандисони мелиоративии кишоварзии Тошканд (Ӯзбекистон), Донишгоҳи давлатии Урали Ҷанубӣ (Русия), ҶДММ «Азеркосмос»-и Ҷумҳурии Озарбойҷон ва инчунин, чанде аз муассисаҳои илмии Чин – Маркази зонкунонии фосилавии замини Ноҳияи мухтори Шинҷон-Уйғур, Маркази асосии яхшиносии Академияи илмҳои ин кишвар ҳамкории илмӣ дорад.

  Масалан, дар чаҳорчӯбаи шартномаҳо ҳамкориҳои дуҷонибаи Институт бо Институти умумироссиягии илмӣ-тадқиқотии гидротехника ва мелиоратсия ба номи А.Н. Костяков, тибқи созишнома оид ба мубодилаи илмӣ ва ҳамкорӣ бо Институти масъалаҳои об ва гидроэнергетикаи АИМ Ҷумҳурии Қирғизистон ва Маркази тадқиқии Juelich GmbH-и Олмон, Шуъбаи бехатарӣ ва ҳифзи радиатсионӣ идома доранд.

  Ҳамчунин, Институт бо Лабораторияи физикаи нейтронии ба номи Франки Институти муттаҳидаи тадқиқотҳои ҳастаӣ (Дубна, Россия) низ ҳамкориҳоро ба роҳ мондааст.

  Ҳамзамон, бо Маркази байналмилалии биологияи намакҳои кишоварзӣ барои Осиёи Марказӣ ва Қавқоз (International Centre for Biosaline Agriculture for Central Asia and Caucasus)-и назди ICARDA шуъбачаи шаҳри Тошканд ҳамкориҳоро ба роҳ монда, дар заминаи он корҳои илмию тадқиқотӣ гузаронида шуда истодаанд.